"Хроника" побегов составлена по мемуарам и устным воспоминаниям сотрудников, поэтому в деталях описания могут быть неточными.
Начало 1920-х годов. Слон Маврик, придя в раздражение, разломал изгородь, вышел из Зоосада, на Кудринской площади разбил витрину булочной и съел все булки, после этого работник зоопарка водворил успокоившегося слона на место.
1929 год. Барс с помощью сложного, заранее отработанного прыжка выскочил из вольера и скрылся в одном из домов за пределами зоопарка. При прыжке с крыши дома был пойман за хвост членом КЮБЗа Г. Ульяновым.
1934 год. Бежавший из зоопарка полоз жил в дровах под окнами начальника районного отдела милиции; в теплые дни заглядывал к нему в окно, из-за чего начальник всегда держал на столе наган, но от предложений работников зоопарка поймать полоза отказывался, опасаясь за сохранность дров.
1941 год. В Свердловске, где зоопарк был в эвакуации, бежал носорог. Сотрудникам зоопарка П. Е. Крылову, Е. Н. Филиппкиной и И. С. Лапкину, осуществившим задержание, была вынесена благодарность.
Около 1943 года. Козерог бежал из карантина. На Большой Грузинской зашел в парикмахерскую и, увидев свое отражение в зеркале, разбил его. Был задержан зоотехником и ветеринаром.
1960-е годы. Взрослый самец орангутана вышел из клетки и от испуга устроил разгром в корпусе приматов. Директор зоопарка И. П. Сосновский загнал его обратно в клетку предупредительным выстрелом из ружья.
1960-е годы. Группа пингвинов, подаренных китобоями, сбежала из плохо оборудованного вольера. Были задержаны на ступенях Краснопресненского универмага, почти в двух километрах от зоопарка. Также пингвины устраивали побеги из Звенигородского питомника (биостанция МГУ), отлавливались местными жителями из Москвы-реки и возвращались.
Начало 1980-х годов. Улетело несколько венценосных журавлей; покружившись над Большим прудом, большинство из них разлетелись по городу и погибли. Один, приземлившийся на кормовую косу пруда, был задержан М. Матвеевым, сумевшим подкрасться к нему незаметно.
1983 год. Молодой крокодил поздно вечером пробил сетку вольера и вышел на территорию зоопарка. Был задержан герпетологом С. В. Кудрявцевым.
1980-е годы. Воспользовавшись не закрытой дверью, из изолятора сбежал гиббон, засевший затем на крыше. При задержании оказывал сопротивление, кусался.
1980-е годы. Несколько лошадей, сбежав из зоопарка, сбились в табун и смогли добраться до сквера Большого театра, где были задержаны.
Конец 1980-х годов. Красные волки, размещенные на Острове зверей, выпрыгивали из вольера, отталкиваясь от противоположной стены (в природе живут в скалистой местности).
Конец 1990-х годов. Молодой гепард, сбежав из вольера, попытался охотиться на пони, возвращавшегося с погонщиком на конюшню с "круга катания". Был замечен еще до нападения и задержан.
Конец 1990-х годов. Воспользовавшись попыткой ввести бесклеточное содержание, улетело несколько павлинов. Впоследствии были задержаны орнитологами при поддержке жителей Пресненского района.
Начало 2000-х годов. Совершила побег харза (желтогрудая куница). Ранее она совершала побеги внутри зоопарка, нападала на вольер фламинго. Не поймана, по поступавшим данным, жила в городе, охотясь на кошек.
Начало 2000-х годов. Черные антилопы неоднократно оказывались за пределами вольера. После расследования выяснилось, что они выползали через полуметровый зазор под оградой, предварительно просовывая туда голову с массивными рогами.
2008 год. Сбежавшая нутрия была задержана на троллейбусной остановке, где ожидающие пассажиры кормили ее хлебом.
2013 год. Злоумышленник ночью открывал клетки с птицами в выездной секции, но был атакован гусем. Два выпущенных орла остались около вольера, дожидаясь прихода сотрудников. Животные зоопарка воспринимают свое место жительства как собственную территорию.